روایت سایت رهبر معظم انقلاب از نقش آیت‌الله هاشمی رفسنجانی در هنگامه تعیین رهبری
پایگاه دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای، اشاره‌های مهمی به روابط منحصر به فرد رهبر معظم انقلاب اسلامی و آیت‌الله هاشمی رفسنجانی در کوران حوادث و مقاطع مختلف نهضت اسلامی و دوران جمهوری اسلامی دارد که مرور آنها خالی از لطف نیست.
به گزارش ایلنا به نقل از آنا، در زندگینامه درج شده از رهبر معظم انقلاب در این پایگاه درخصوص مقطع تعیین آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رهبر انقلاب، آمده است: «در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، در حالی که مردم و مسئولان آماده‌ی تشییع و تدفین پیکر پاک امام خمینی(ره) بودند در جلسه‌ای با حضور مسئولان کشوری و لشکری، آیت‌الله خامنه‌ای، رئیس جمهور، وصیت‌نامه‌ی سیاسی ـ الهی امام خمینی (ره) را قرائت کرد. مجلس خبرگان رهبری عصر همان روز تشکیل جلسه داد تا رهبر یا شورای رهبری جدید برای نظام جمهوری اسلامی را انتخاب کند. مطابق اصل ۱۰۷ قانون اساسی مصوب سال ۱۳۵۸، انتخاب رهبری بر عهده نمایندگان مجلس خبرگان قرار دارد[۲۴۳] . در بحث رهبری شورایی یا فردی، اکثریت اعضای مجلس خبرگان به رهبری شورایی رأی نداد و آنگاه که بحث از مصداق رهبری برای رأی‌گیری به میان آمد و نام آیت‌الله خامنه‌ای مطرح شد. برخی از نمایندگان که از نظر امام خمینی مبنی بر صلاحیت آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری نظام پس از رحلت امام که در جلسات متعددی در حضور سران قوا و نخست‌وزیر و حاج سید احمد خمینی ابراز کرده بودند اطلاع اجمالی داشتند خواستار توضیح شاهدان آن شدند. دو نفر از شاهدان نقل امام خمینی که خود عضو مجلس خبرگان بودند استناد این نظر به امام را تأیید کردند. همچنین گفته دیگری از امام مبنی بر شایستگی آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری که در جریان سفر اخیر ایشان به چین و کره شمالی ابراز کرده بودند نیز در آن جلسه با واسطه نقل شد. در پی آن رأی‌گیری به عمل آمد و اکثریت قاطع نمایندگان مجلس خبرگان با توجه به نظر امام راحل و صلاحیت‌های دینی، علمی و سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای، معظم‌له را به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب کردند. («چگونگی انتخاب رهبر در اجلاس فوق‌العاده مجلس خبرگان»، ۱۸؛ هاشمی رفسنجانی، بازسازی و سازندگی، ۱۵۱ ـ ۱۴۹)»
پایگاه مرکز نشر آثار حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، سپس نقل قول‌های تعیین‌کننده از امام خمینی(ره) درباره آیت‌الله خامنه‌ای را این‌گونه برمی‌شمرد: «حجت‌الاسلام والمسلمین سیداحمد خمینی، نزدیکترین فرد به امام خمینی که مشاور و مورد وثوق کامل ایشان بود، نقل کرده که امام در پی سفر خارجی آیت‌الله خامنه‌ای گفتند: «الحق ایشان شایستگی رهبری را دارند» [۲۴۹] . زهرا مصطفوی، دختر امام خمینی (ره) بیان کرده که آنگاه که از امام درباره‌ی رهبری آینده نظام پرسیده است ایشان از آیت‌الله خامنه‌ای نام بردند و آنگاه که از مقام علمی آیت‌الله خامنه‌ای سؤال کرده است ایشان اجتهاد آیت‌الله خامنه‌ای را تأیید کرده‌اند[۲۵۰] . آیت‌الله هاشمی رفسنجانی نیز نقل کرده که زمانی که امام درصدد عزل آیت‌الله منتظری از رهبری آینده بودند در جلسه‌ای که با حضور سران سه‌قوه، نخست‌وزیر (میرحسین موسوی) و حاج سید احمد خمینی در محضر امام تشکیل شده بود در مورد جانشین رهبری بحث شد ایشان از آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری آینده نظام نام بردند.
وی همچنین بیان داشته که در جلسه خصوصی خود با امام راحل نسبت به وضع رهبری در آینده ابراز نگرانی کرده است و امام در پاسخ با اشاره به آیت‌الله خامنه‌ای فرموده‌اند: «شما در بن بست نخواهید بود، چنین فردی در میان شما هست. چرا خودتان نمی‌دانید؟»
در این زندگینامه، در مقاطع مختلف زندگی رهبر معظم انقلاب، به همراهی آیات خامنه‌ای و هاشمی از جمله جلسه «یازده نفره» حوزه علمیه قم برای مبارزه با رژیم شاه، بنیان‌گذاری جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، عضویت در شورای انقلاب و تاسیس حزب جمهوری اسلامی و... اشاره کرده است.
در بخشی از این زندگینامه آمده است: «آیت‌الله خامنه‌ای به اتهام عضویت در گروه یازده نفره به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه‌ی کیهان و احضار آیت‌الله خامنه‌ای به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری ورزید[۵۸] . او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیون مبارز ازجمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی‌کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضل الله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت.